يهتم القسم بدراسة الكائنات الدقيقة سواء منها الضار والمسبب للأمراض أو غير الضار أو النافع منها ويركز القسم على المشاكل التى قد يسببها التلوث الميكروبى للمستحضرات الصيدلية وطرق التخلص منها كما يهتم القسم أيضا بالاستفادة من القدرة الفائقة للميكروبات على إنتاج مواد صيدلية هامة. بالإضافة الى اهتمامه بالتلوث البيئى بالميكروبات وطرق الكشف عنها والتقليل من آثارها الضارة على الصحة بالطرق المختلفة