نشئ قسم الهندسة الطبية عام 2004 بقرار وزارى رقم 696 بتاريخ 22/5/2004 وذلك لعدم وجود قسم مثيل في صعيد مصر لمثل هذا التخصص، ألا وهو تطويع العلوم الفيزيقية والهندسية لخدمة الطب في مصر واستحداث أصلح التكنولوجيات لتحقيق هذا الغرض.
وقد بدأت الدراسة بهذا القسم في سبتمبر عام 2012 على مستوى مرحلة البكالوريوس.
وكان القسم يضم عند بدء الدراسة به مشرفا وسبعة من المدرسين وثلاثة معيدين، وقد تقدم للالتحاق بالقسم في الدفعة الأولى نحو 19 طالبا.
1- قادر علي تطبيق الرياضيات والعلوم والمفاهيم الهندسية في حلول المشاكل الهندسية. 2- تصميم نظام أو مكون أو عملية لتلبية الاحتياجات المطلوبة في ظل وجود محددات واقعية. 3- تصميم وإجراء التجارب وكذا تحليل وتفسير النتائج. 4- تحديد وصياغة وحل المشاكل الهندسية الأساسية. 4- استخدام التقنيات والمهارات والأدوات الهندسية المناسبة اللازمة والضرورية لممارسة الهندسة وإدارة المشروعات. 5- العمل على نحو فعال ضمن فرق متعددة التخصصات. 6- التواصل بشكل فعال. 7- الأخذ بعين الاعتبار تأثير الحلول الهندسية على المجتمع والبيئة. 8- إظهار معرفته بالقضايا الهندسية المعاصرة. 9- إظهار تحمله لمسئولياته المهنية والأخلاقية وفهمه لما يحيط به. 10- الانخراط في التعليم الذاتي مدي الحياة. 11- مقدرة عالية علي حل جميع المشاكل الالكترونية. 12- ادارة المشروعات الصحية (الهندسة الاكلينيكية – الجودة بالمستشفيات الصحية). 13- جسر بين الطبيب والمعدات الطبية والمنشأة الصحية. 14- ادارة الاجهزة الطبية باستخدام الحاسب الالي. 15- مواكبة مستحدثات الهندسة الطبية (نانو تكنولوجي – الكترونيات حاسب الي).